導讀 使用 RoseTTAFold 和 AlphaFold 的組合來篩選數百萬對酵母蛋白，研究人員確定了超過 1,500 對可能相互作用。這些復合物具有多達 5
使用 RoseTTAFold 和 AlphaFold 的組合來篩選數百萬對酵母蛋白，研究人員確定了超過 1,500 對可能相互作用。這些復合物具有多達 5 個亞基，在真核細胞的幾乎所有關鍵過程中都發(fā)揮作用，并為生物學功能提供了廣泛的見解。
“……我們的結果預示著結構生物學的新時代，在這個時代，計算在相互作用發(fā)現和結構確定中都發(fā)揮著重要作用，”作者寫道。蛋白質-蛋白質相互作用在生物學中起著至關重要的作用，但許多真核蛋白質復合物的結構是未知的，并且可能有許多相互作用尚未確定。最近在蛋白質結構預測方面基于深度學習的進展，包括 2021年《科學》研究中強調的那些進展提出了 RoseTTAFold 工具，有可能增加識別相互作用蛋白質對的方法的能力。
Ian Humphreys 及其同事利用了這些最新進展。他們將 RoseTTAFold 和 DeepMind 的 AlphaFold 結合起來，篩選了 830 萬對酵母蛋白質，確定了 1,505 種可能相互作用的蛋白質。他們?yōu)?106 個以前未識別的組件和 806 個尚未進行結構表征的組件構建了結構模型。“我們的方法將基于大規(guī)模深度學習的結構建模范圍從單體蛋白質擴展到蛋白質組裝，”作者說。“……對這里提出的許多新復合物的后續(xù)研究應該會促進對廣泛的真核細胞過程的理解，并為治療干預提供新的目標。”
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