導讀 中國科學院合肥物質科學研究院李學凌教授課題組分析熱燒傷皮膚基因表達，基于高分辨率細胞類型組模式開發(fā)出新的細胞類型特征和流程反卷積。...
中國科學院合肥物質科學研究院李學凌教授課題組分析熱燒傷皮膚基因表達，基于高分辨率細胞類型組模式開發(fā)出新的細胞類型特征和流程反卷積。
研究結果已發(fā)表于燒傷護理雜志研究。
研究燒傷后基因活性的時間線對于確定最佳治療時間至關重要。 30多年來，科學家主要依靠分析組織中的整體基因活性來了解這些變化。然而，這種方法有局限性——它無法區(qū)分不同的細胞類型或這些細胞中的特定基因活性。它僅提供所有細胞類型的基因活性的平均值。
“基因在不同類型的細胞中表現(xiàn)不同。這個想法構成了創(chuàng)建代表每種細胞類型獨特分子活性的標簽的基礎。”李教授說，“但為了進行更詳細的分析，我們需要來自組織樣本的數(shù)據(jù)比不同細胞類型的數(shù)據(jù)還要多。”組織樣本一個>
在這項研究中，研究人員開發(fā)了一種高分辨率細胞類型反卷積模式方法，通過估計RNA轉錄本的相對子集來識別細胞類型和表達(CIBERSORTx)來分析匯集的皮膚批量轉錄組數(shù)據(jù)，該方法可以識別細胞分數(shù)的來源以及導致大量基因擾動的基因表達變化。
這種方法有助于識別和分析皮膚中不同類型的細胞。研究人員使用血液和皮膚樣本的數(shù)據(jù)為八種不同的皮膚細胞類型創(chuàng)建了參考簽名，他們將其稱為 Sig_Na，在獨立數(shù)據(jù)集上進行測試時，事實證明該參考簽名比其他現(xiàn)有的參考簽名更準確。
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