在最近發(fā)表在PLoS病原體雜志上的一項(xiàng)研究中，研究人員分析了貼壁侵襲性大腸桿菌(AIEC)的LF82菌株的噬菌體，以更好地了解它們在體外和巨噬細(xì)胞內(nèi)的行為。
像溶原這樣的噬菌體可以直接整合到宿主細(xì)菌的基因組中，也可以作為自由復(fù)制的生物體存在。噬菌體基因的表達(dá)，也稱為“白癡”，為細(xì)菌提供了有利的特性，包括防止其他致病物種或適應(yīng)某些環(huán)境的能力，僅舉幾例。
相反，誘導(dǎo)噬菌體進(jìn)入細(xì)菌可能會引起壓力，最終導(dǎo)致噬菌體裂解。因此，必須進(jìn)一步了解噬菌體的廣泛行為，特別是在考慮它們對細(xì)菌病原體的潛在影響時(shí)。
例如，AIEC基因組承載著許多不同的噬菌體，LF82菌株編碼五個(gè)功能性噬菌體。LF82噬菌體1已在克羅恩病患者獲得的大腸桿菌菌株中報(bào)道。
與實(shí)驗(yàn)室條件下的活性相比，Lambda噬菌體誘導(dǎo)在富含巨噬細(xì)胞的環(huán)境中增加26倍。這種高誘導(dǎo)水平導(dǎo)致約90%的大腸桿菌裂解，這可能直接歸因于巨噬細(xì)胞活性。
關(guān)于研究
五個(gè)LF82噬菌體被命名為Gally(Prophage 1)，Perceval(Prophage 2)，Tritos(Prophage 3)，Cartapus(Prophage 4)和Cyrano(pLF82)。這些噬菌體被上傳到歐洲核苷酸檔案數(shù)據(jù)庫，并重新注釋。
在體外LF82轉(zhuǎn)錄組分析中，轉(zhuǎn)錄比局部轉(zhuǎn)錄率高五倍于主調(diào)節(jié)器或典型噬菌體基因的基因被鑒定為白癡。評估了截至 82 年 2020 月的大腸桿菌 LF<> 噬菌體與 NCBI 參考噬菌體之間的同源性。
核糖核酸(RNA)測序數(shù)據(jù)用于轉(zhuǎn)錄組學(xué)和差異基因表達(dá)分析。此外，為了檢測噬菌體中自發(fā)病毒的產(chǎn)生，對包衣膜的病毒組脫氧核糖核酸(DNA)進(jìn)行了全基因組測序分析。
此外，通過定量聚合酶鏈反應(yīng)(qPCR)測量病毒粒子基因組，以驗(yàn)證體外Gally患病率。最后，將噬菌體作為斑塊繁殖，隨后通過透射電子顯微鏡(TEM)進(jìn)行檢查。
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