癌癥驅(qū)動基因的共現(xiàn)是精準醫(yī)學的關(guān)鍵
癌癥驅(qū)動基因是那些具有對腫瘤發(fā)展和擴散至關(guān)重要的突變的基因。在 ICREA 研究員 Patrick Aloy 的帶領(lǐng)下,來自巴塞羅那 IRB 結(jié)構(gòu)生物信息學和網(wǎng)絡生物學 (SBNB) 實驗室的科學家們開發(fā)了一個計算管道,可以預測腫瘤對不同癌癥治療的反應。該系統(tǒng)基于對復雜反應標記的識別,這些標記源自攜帶突變的癌癥驅(qū)動基因之間的共現(xiàn)模式。它已經(jīng)通過實驗和乳腺癌患者的數(shù)據(jù)進行了測試,在預測這些反應方面達到了 66% 的準確率。
鑒于其在腫瘤發(fā)展中的關(guān)鍵作用,癌癥驅(qū)動基因在近幾十年來得到了廣泛的研究。了解哪些基因在特定腫瘤中受到影響可以幫助為該患者確定最合適的治療策略,這種方法被稱為精準醫(yī)學。SBNB 實驗室的研究人員首次提出,兩個或多個癌癥驅(qū)動基因的同時發(fā)生(或缺乏)改變是預測對某種治療的反應的關(guān)鍵因素。
“受突變影響的兩個或多個癌癥驅(qū)動基因的總和導致形成復雜的生物標志物網(wǎng)絡,改變腫瘤的分子特征并影響其對治療的反應,”阿洛伊說。“通過這項工作,我們看到從整體上 研究癌癥驅(qū)動基因,分析不同的組合,可以為精準醫(yī)學帶來巨大進步,”他補充道。
從生物信息學到實驗和臨床分析
盡管有大量關(guān)于癌癥基因組的數(shù)據(jù),但有關(guān)患者治療干預結(jié)果的信息卻很少。研究人員從一個公共數(shù)據(jù)庫開始,該數(shù)據(jù)庫收集多種治療對植入小鼠模型的人類腫瘤生長的影響的信息?;谶@些數(shù)據(jù),他們選擇了 53 種治療方法(或治療組合),并比較了對每種治療有反應和沒有反應的腫瘤的分子特征。
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