研究小鼠模型中無(wú)法識(shí)別的遺傳變異會(huì)影響免疫細(xì)胞

阿拉巴馬大學(xué)伯明翰分校的研究人員在Immunity雜志上發(fā)表的一項(xiàng)研究報(bào)告稱，同類小鼠品系——在免疫學(xué)研究中使用了數(shù)十年，并被認(rèn)為在標(biāo)記位點(diǎn)之外具有相同的基因——被發(fā)現(xiàn)含有以前未被識(shí)別的遺傳變異。

由免疫學(xué)家 Amy Weinmann 博士和第一作者 Danielle Chisolm 博士領(lǐng)導(dǎo)的團(tuán)隊(duì)在對(duì)影響進(jìn)行實(shí)驗(yàn)后發(fā)現(xiàn)了這種遺傳變異。 T 細(xì)胞上微生物代謝物的研究給出了相互矛盾的數(shù)據(jù)，并引發(fā)了令人煩惱的問(wèn)題。

“我們意識(shí)到一個(gè)未知的實(shí)驗(yàn)變量正在影響我們結(jié)果的解釋，”UAB 微生物學(xué)系教授 Weinmann 說(shuō)。“那時(shí)，我們將重點(diǎn)轉(zhuǎn)移到識(shí)別那個(gè)未知變量上。如果你把研究看作是一個(gè)謎題，我們就知道我們錯(cuò)過(guò)了一個(gè)關(guān)鍵的拼圖，如果不先找到我們就不能再進(jìn)一步了丟失的部分。”

為了找到答案，UAB 的研究人員采用了現(xiàn)有的信息學(xué)工具并設(shè)計(jì)了一種新策略來(lái)識(shí)別與最常用的小鼠遺傳背景不同的基因組區(qū)域。他們的新方法將幫助研究人員在感興趣的染色體區(qū)域識(shí)別和定義小鼠品系之間的遺傳變異。

在這項(xiàng)研究中，Weinmann 及其同事分析了幾種被認(rèn)為在基因標(biāo)記位點(diǎn) CD45 之外具有相同基因的小鼠品系。令他們驚訝的是，他們發(fā)現(xiàn)基因組的大部分區(qū)域都包含遺傳變異。這表明這些常用小鼠品系中的遺傳內(nèi)容可能不是研究人員長(zhǎng)期以來(lái)假設(shè)的那樣，這可能會(huì)影響對(duì)這些小鼠模型生成的數(shù)據(jù)的解釋。

“差異包括包含在免疫細(xì)胞歸巢、T 細(xì)胞耗竭、T 和 B 細(xì)胞分化以及先天免疫反應(yīng)中具有免疫學(xué)重要性的基因的區(qū)域，”Weinmann 說(shuō)。此外，CD45 基因周圍遺傳物質(zhì)變異的數(shù)量和位置在三個(gè)主要的生物醫(yī)學(xué)研究小鼠供應(yīng)商銷售的品系中有所不同。因此，UAB 研究的影響遠(yuǎn)遠(yuǎn)超出了他們最初的微生物組實(shí)驗(yàn)，它提醒使用小鼠模型的研究人員在他們的實(shí)驗(yàn)中注意一個(gè)意想不到的變量。

因此，該研究為研究人員提供了有關(guān)免疫學(xué)研究中廣泛使用的小鼠模型的遺傳內(nèi)容的寶貴信息。重要的是，它還提供了一種新策略，研究人員可以使用該策略來(lái)定義任何小鼠模型中具有遺傳變異的區(qū)域。

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