一種單一堿基分辨率測(cè)序方法可在單個(gè)工作流程中對(duì)兩種最常見(jiàn)的胞嘧啶修飾進(jìn)行測(cè)序

在最近發(fā)表在《自然生物技術(shù)》上的一項(xiàng)研究中，研究人員開(kāi)發(fā)了一種全基因組測(cè)序(WGS)方法，該方法讀取四種典型的脫氧核糖核酸(DNA)堿基，即腺嘌呤(A)，胞嘧啶(C)，鳥(niǎo)嘌呤(G)和胸腺嘧啶(T)加上5-甲基胞嘧啶(5mC)和5-羥甲基胞嘧啶(5hmC)，這是未修飾C的表觀遺傳變異，可在單個(gè)工作流程中產(chǎn)生準(zhǔn)確的六字母數(shù)字讀數(shù)。

此外，這種方法是通用的，這意味著它將其適用范圍擴(kuò)展到不同的DNA樣品格式。例如，它可以高精度地分析從癌癥患者獲得的游離DNA(cfDNA)樣本。該方法還具有固有的錯(cuò)誤抑制功能，有助于獲取準(zhǔn)確的遺傳和表觀遺傳堿基調(diào)用。最后，它完全以酶法處理DNA樣品，從而防止DNA降解。

背景

哺乳動(dòng)物DNA或基因組存儲(chǔ)維持所需的多維信息;然而，高通量測(cè)序方法僅讀取四個(gè)DNA堿基的測(cè)序來(lái)解釋這些信息。因此，這些分析方法未能發(fā)現(xiàn)存儲(chǔ)在DNA中的表觀遺傳信息，即盡管基因組沒(méi)有改變，但基因表達(dá)的改變。雖然是可逆的，但表觀遺傳變化(例如，DNA甲基化)會(huì)改變您的身體讀取DNA序列的方式，這反過(guò)來(lái)又可能改變細(xì)胞的命運(yùn)。

對(duì)遺傳和表觀遺傳信息的綜合分析可以獲得關(guān)于疾病易感性的更準(zhǔn)確的預(yù)測(cè)，例如癌癥。對(duì)5mC和5hmC進(jìn)行測(cè)序可以幫助檢索人類DNA中的表觀遺傳信息。為此，研究人員開(kāi)發(fā)了三種堿基轉(zhuǎn)化方法，全基因組亞硫酸氫鹽測(cè)序(WGBS)，酶甲基測(cè)序(EM-seq)和TET輔助吡啶硼烷測(cè)序，用于區(qū)分未修飾的C(unmodC)與5mC或5hmC。

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