DNA 元素百科全書(shū) (ENCODE) 項(xiàng)目是一項(xiàng)旨在了解人類(lèi)基因組功能的全球性努力。隨著其最新階段的完成，ENCODE 項(xiàng)目添加了來(lái)自人類(lèi)和小鼠基因組的數(shù)百萬(wàn)個(gè)候選 DNA“開(kāi)關(guān)”，這些開(kāi)關(guān)似乎可以調(diào)節(jié)基因何時(shí)何地開(kāi)啟，以及一個(gè)分配這些 DNA 開(kāi)關(guān)的一部分的新注冊(cè)表到有用的生物學(xué)類(lèi)別。該項(xiàng)目還提供了新的可視化工具，以協(xié)助使用 ENCODE 的大型數(shù)據(jù)集。
該項(xiàng)目的最新成果發(fā)表在《自然》雜志上，另外還有 13 篇深入研究發(fā)表在其他主要期刊上。ENCODE 由隸屬于美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院的國(guó)家人類(lèi)基因組研究所資助。
“ENCODE 3 的一個(gè)主要優(yōu)先事項(xiàng)是開(kāi)發(fā)與更廣泛的研究社區(qū)共享來(lái)自數(shù)千個(gè) ENCODE 實(shí)驗(yàn)的數(shù)據(jù)的方法，以幫助擴(kuò)大我們對(duì)基因組功能的理解，”NHGRI 主任 Eric Green 醫(yī)學(xué)博士說(shuō)。“ENCODE 3 搜索和可視化工具使這些數(shù)據(jù)易于訪問(wèn)，從而推動(dòng)了開(kāi)放科學(xué)的發(fā)展。”
為了評(píng)估不同 DNA 區(qū)域的潛在功能，ENCODE 研究人員研究了通常與調(diào)節(jié)基因的開(kāi)關(guān)相關(guān)的生化過(guò)程。這種生化方法是快速全面探索整個(gè)基因組的有效方法。這種方法有助于定位 DNA 中的“候選功能元素”區(qū)域——根據(jù)這些生化特性預(yù)測(cè)為功能元素的 DNA 區(qū)域。然后可以在進(jìn)一步的實(shí)驗(yàn)中測(cè)試候選物，以確定和描述它們?cè)诨蛘{(diào)控中的功能作用。
“ENCODE 的一個(gè)關(guān)鍵挑戰(zhàn)是不同的基因和功能區(qū)域在不同的細(xì)胞類(lèi)型中活躍，”NHGRI 基因組科學(xué)部戰(zhàn)略實(shí)施科學(xué)顧問(wèn)、ENCODE 負(fù)責(zé)人 Elise Feingold 博士說(shuō)。研究所。“這意味著我們需要測(cè)試大量不同數(shù)量的生物樣本，以制定基因組中候選功能元素的目錄。”
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