Wistar研究所的研究人員表示，他們已經(jīng)確定了黑色素瘤免疫檢查點抑制劑(ICI)治療的新預(yù)測因子。特別是，白細(xì)胞和T細(xì)胞增殖調(diào)節(jié)過程中的突變顯示出作為生物標(biāo)志物的潛力，在多個不同的黑色素瘤患者數(shù)據(jù)集中可靠和穩(wěn)定地預(yù)測ICI治療反應(yīng)，根據(jù)發(fā)表論文的科學(xué)家(“突變過程預(yù)測免疫檢查點抑制劑治療對轉(zhuǎn)移性黑色素瘤的益處”)在Nature Communications上。
“ICI療法徹底改變了晚期黑色素瘤的治療;然而，只有一部分患者從這種治療中受益。盡管付出了相當(dāng)大的努力，腫瘤突變負(fù)擔(dān)(TMB)是唯一經(jīng)FDA批準(zhǔn)的黑色素瘤生物標(biāo)志物。然而，TMB與ICI存活期延長相關(guān)的機制尚不完全清楚，可能取決于許多混雜因素，“研究人員寫道。
“為了根據(jù)腫瘤突變識別更多可解釋的ICI反應(yīng)生物標(biāo)志物，我們使用不同生物過程中的突變來訓(xùn)練分類器。我們評估了各種特征選擇和分類方法，并確定了與TMB相比提供改進(jìn)的預(yù)測能力的關(guān)鍵突變生物過程。我們確定的主要突變過程是白細(xì)胞和T細(xì)胞增殖調(diào)節(jié)，它們在接受ICI治療的黑色素瘤患者的不同數(shù)據(jù)隊列中顯示出穩(wěn)定的預(yù)測性能。
“這項工作旨在為免疫治療反應(yīng)確定更好，更生物學(xué)上可解釋的基因組預(yù)測因子，”分子細(xì)胞腫瘤發(fā)生計劃助理教授Noam Auslander博士指出。“我們需要更好的生物標(biāo)志物來幫助選擇更有可能對ICI治療有反應(yīng)的患者，并了解哪些因素可以幫助增強反應(yīng)并增加這些數(shù)字。
利用機器學(xué)習(xí)和公開的去識別化臨床數(shù)據(jù)，研究小組調(diào)查了為什么一些黑色素瘤患者對ICI治療有反應(yīng)，而另一些患者則沒有。 該論文的第一作者、研究生安德魯·帕特森(Andrew Patterson)詳細(xì)介紹了他們的研究過程，包括在數(shù)據(jù)集上訓(xùn)練機器學(xué)習(xí)模型，以預(yù)測患者是否對ICI治療有反應(yīng)。 然后確認(rèn)該模型能夠在多個其他數(shù)據(jù)集上持續(xù)預(yù)測對這種治療的反應(yīng)或抵抗力。
研究小組發(fā)現(xiàn)，白細(xì)胞和T細(xì)胞增殖調(diào)節(jié)過程具有一些突變基因，有助于ICI治療反應(yīng)和耐藥性。這些知識可用于確定目標(biāo)，以增強黑色素瘤患者的反應(yīng)或減輕耐藥性。
“我們能夠比目前的臨床標(biāo)準(zhǔn)方法更好地預(yù)測患者是否對ICI治療有反應(yīng)，并提取有助于進(jìn)一步了解ICI治療反應(yīng)和耐藥性背后的機制的生物學(xué)信息，”帕特森解釋說。
科學(xué)家們打算繼續(xù)這項工作，目標(biāo)是提高預(yù)測準(zhǔn)確性，進(jìn)一步了解支撐患者對ICI治療的抵抗力或反應(yīng)的生物學(xué)機制，并確定論文中區(qū)分的過程是否也可以作為其他癌癥類型ICI治療反應(yīng)的預(yù)測因子。
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