研究人員引入了“sci-Space”，這是一種空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的新方法，可以在比以前的方法大得多的尺度上保持單細(xì)胞分辨率和空間異質(zhì)性。他們使用他們的方法在發(fā)育 14 天時(shí)構(gòu)建了小鼠胚胎整個(gè)部分的單細(xì)胞圖譜。單細(xì)胞 RNA 測(cè)序方法在理解生物體和復(fù)雜組織如何發(fā)育方面取得了巨大進(jìn)步。
盡管細(xì)胞的空間組織是正常發(fā)育、穩(wěn)態(tài)和病理生理學(xué)的核心，但許多單細(xì)胞 RNA 測(cè)序方法丟失了有價(jià)值的上下文空間信息。那些保留細(xì)胞之間空間背景的可能僅限于一組特定的基因和/或一個(gè)小的組織區(qū)域。為了克服這些挑戰(zhàn)，Sanjay Srivatsan 及其同事開(kāi)發(fā)了 sci-Space，一種空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法，它保留了單細(xì)胞分辨率，同時(shí)還可以在更大尺度上解析細(xì)胞的空間背景。斯里瓦贊等。的方法使用條形碼寡核苷酸網(wǎng)格 - 合成 DNA 的短單鏈 - 可以從載玻片轉(zhuǎn)移到覆蓋的冷凍組織切片的細(xì)胞核。這組作者說(shuō)，sci-Space 允許獲得每張幻燈片上數(shù)千個(gè)細(xì)胞的空間起源和轉(zhuǎn)錄組。為了展示他們的新技術(shù)，Srivatsan等人。將 sci-Space 應(yīng)用于開(kāi)發(fā)小鼠胚胎。通過(guò)捕獲近 120,000 個(gè)細(xì)胞的空間坐標(biāo)和整個(gè)轉(zhuǎn)錄組，作者組裝了一個(gè)全天 14 天小鼠胚胎切片的空間分辨單細(xì)胞圖譜，并揭示了各種細(xì)胞類型(包括分化神經(jīng)元)的空間表達(dá)基因。
標(biāo)簽： 單細(xì)胞
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