自由嚴(yán)重急性呼吸綜合征 2 (SARS-CoV-2) 引起的 2019 年病 () 大流行開始以來，已經(jīng)出現(xiàn)了許多病毒變體。這些變體顯示出增強(qiáng)的傳播性、毒力和免疫逃避能力。
發(fā)表在《細(xì)胞報(bào)告 》雜志上的一篇新研究論文 探討了其中一些突變?cè)谔颖苤泻涂贵w反應(yīng)的能力方面的功能相關(guān)性。更具體地說，研究人員檢查了 Omicron 突變改變幼稚個(gè)體免疫抗體反應(yīng)的能力。
介紹
Omicron 在其受體結(jié)合位點(diǎn) (RBS) 有 11 個(gè)突變，這導(dǎo)致大多數(shù)血清學(xué)反應(yīng)。這種突變保留了病毒與宿主血管緊張素轉(zhuǎn)換酶 2 (ACE2) 受體結(jié)合的能力，同時(shí)避開了自然感染或接種疫苗后存在的中和抗體。
ACE2 結(jié)合與一些 Omicron 突變相關(guān)，即 S477N、E484K、N501Y 和 Q498R。相反，免疫逃避與 K417N、E484A 和 Q498R 突變有關(guān)。這些突變的影響與野生型血清學(xué)反應(yīng)有關(guān)。
B 細(xì)胞抗原性描述了抗原與來自已經(jīng)歷親和力成熟的 B 細(xì)胞的抗體的結(jié)合程度。親和力成熟取決于體細(xì)胞超突變的發(fā)生，這些超突變?cè)黾恿私o定抗原對(duì)所討論抗體的識(shí)別特異性和親和力。
抗體通常與由蛋白質(zhì)構(gòu)象聚集在一起的殘基形成的構(gòu)象表位結(jié)合，盡管沿蛋白質(zhì)序列相距很遠(yuǎn)。因此，僅從序列預(yù)測(cè)表位或生成完整的抗體表位圖譜具有挑戰(zhàn)性。
關(guān)于研究
研究人員使用基于幾何深度學(xué)習(xí)的新建模平臺(tái) ScanNet，使用實(shí)驗(yàn)或計(jì)算結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) B 細(xì)胞和蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)。此外，ScanNet 為每個(gè)表位提供了一個(gè)殘基概率評(píng)分，稱為抗原性譜。
ScanNet 預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確性似乎高于許多其他當(dāng)前使用的技術(shù)。一個(gè)重要的例子是為 SARS-CoV-2 野生型刺突受體結(jié)合域 (RBD) 創(chuàng)建的抗原性譜 ScanNet 與基于刺突抗體復(fù)合結(jié)構(gòu)的實(shí)驗(yàn)得出的抗體命中率之間的良好匹配。因此，該平臺(tái)能夠預(yù)測(cè)抗原表位分布。
研究結(jié)果
ScanNet 預(yù)測(cè) Omicron 將與 RBS 抗原性降低有關(guān)，而 Alpha、Beta 和 Delta VOC 與 SARS-CoV-2 的野生型菌株相比有適度的增加。鑒定了 Omicron VOC 中抗原性降低的位置。此外，科學(xué)家們發(fā)現(xiàn)，在最常靶向的抗原中，抗原性的變化最為顯著。
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